Особенность проекта «Музей открывает фонды» заключается в том, что исследовательская работа должна опираться на музейную коллекцию. В центре исследования находится музейный экспонат или хранящийся в фондах музейный предмет (произведение искусства, фотография, книга, документ, рукопись, мемориальная вещь и т. п.).

Однако уже на протяжении нескольких лет молодые исследователи создают свои научные работы и на материалах коллекций других музеев Санкт-Петербурга (государственных, городских, ведомственных).

По итогам первых конференций были созданы сборники, в которые вошли наиболее важные фрагменты исследовательских работ.